FTM UPN "Veteran" Yogyakarta memiliki organisasi kemahasiswaan Jurusan/Prodi sebagai berikut:
- Himpunan Mahasiswa Teknik Perminyakan (HMTM)
- Himpunan Mahasiswa Teknik Pertambangan (HMTA)
- Himpunan Mahasiswa Teknik Geologi (HMTG)
- Himpunan Mahasiswa Teknik Geofisika (HMTGF)
- Himpunan Mahasiswa Teknik Lingkungan (HMTL)
- Himpunan Mahasiswa Teknik Metalurgi (HMTME)
- Himpunan Mahasiswa Teknik Geomatika (HMTGM)